La organización del bachillerato depende de las comunidades autónomas, aunque el Ministerio de Educación ofrece un marco común. De acuerdo con este, existen tres modalidades distintas de Bachillerato: Artes, Ciencias, y Humanidades y Ciencias sociales (dos itinerarios).
Al igual que en la Educación Primaria y en la ESO, en Bachillerato se distingue entre «asignaturas troncales», «asignaturas específicas» y «asignaturas de libre configuración autonómica» —en esta última categoría es donde se incluye la asignatura Lengua Cooficial y Literatura en aquellas comunidades autónomas que la posean—. Corresponde al Gobierno determinar los contenidos de las asignaturas troncales, mientras, las Administraciones educativas podrán «complementar los contenidos de las asignaturas troncales» y «establecer los contenidos de los bloques de asignaturas específicas y de libre configuración autonómica».
Según el artículo 1.25, que añade el artículo 34 bis a la LOE, en el primer curso se cursarán asignaturas troncales «generales» (fondo de color marrón) y asignaturas troncales «de opción» (con fondo blanco, de las que en cada modalidad se escogen dos), además de las asignaturas específicas (con fondo verde). La Lengua Cooficial y Literatura no es una materia troncal, sino una «asignatura de libre configuración autonómica».
Según el artículo 1.26, que añade el artículo 34 ter. a la LOE, en el segundo curso se cursarán asignaturas troncales «generales» (fondo de color marrón) y asignaturas troncales «de opción» (con fondo blanco, de las que en cada modalidad se escogen dos). La Lengua Cooficial y Literatura no es una materia troncal, sino una «asignatura de libre configuración autonómica».